Badan Eksekutif Mahasiswa STIKES MAMBA’UL ‘ULUM SURAKARTA merupakan organisasi yang memiliki struktur organisasi sebagai berikut: Presiden BEM, wakil Presisen BEM , . koordinator internal mencakup dari sekertaris, keuangan, departemen dalam negeri, dan departemen agama. kemudian koordinator eksternal mencakup departemen luar negeri, departemen seni dan olahraga dan departemen komunikasi informasi. selanjutnya, koordinator litbang mencakup departemen sosial dan masyarakat, . dari masing-masing departemen terdiri dari ketua departemen, wakil departemen dan staff departemen. Badan Eksekutif Mahasiswa StikesMUS juga merupakan wadah penyalur aspirasi bagi mahasiswa Stikes Mamba’ul ‘Ulum Surakarta sehingga terciptanya mahasiswa yang Produktif, Kolaboratif, Solutif, Aspiratif dan menjunjung tinggi profesionalitas serta komunikasi yang baik